セブンイレブンに代表されるドミナント出店戦略によるトラブルも生じています。 ドミナント出店とはチェーン店が店舗をある地域に集中的に出店することによって、その地域の需要を全て獲得しようとする出店戦略です。 このドミナント出店は本部にとってはその地域における需要の総どりや物流コストの削減といったメリットがあります。 しかしその一方で、ある地域に店舗を集中させるということは店舗当たりの売上は低下しやすくなることも意味しています。そのため、本部と加盟店のオーナーとの間で利害対立が生じており、トラブルの原因ともなっています。

こうしたフランチャイズ本部と加盟店との間でのトラブルとして代表的な事例がセブンイレブン東大阪小阪店の事例です。 セブンイレブン東大阪小阪店のオーナーは2020年1月1日の営業について従業員が休みを希望していることなどを理由として終日休業にする方針をセブンイレブンに伝えたところ、セブンイレブンから2019年12月31日をもって契約を解除する旨の通告を受けることとなりました。 こうしたセブンイレブンからの扱いを不当としてセブンイレブン東大阪小阪店のオーナーはセブンイレブンを相手に裁判を起こし、法廷で戦うまでに事態が発展してしまいました。

フランチャイズの加盟店を募る勧誘や投資を募る代理店の中にはオーナーを食い物にする悪徳業者も存在しています。そうした悪徳業者と契約をしてしまうと利益が出ない店舗や投資先に多額の出資をし、オーナーには多額の借金だけが残るという事態にも陥りかねません。

その事例の一つが高級車カーシェアビジネスの破綻です。 この高級車カーシェアビジネスは事前の説明では車のオーナーがローンを組んで高級車を購入し、その高級車を貸し出すことで利益を生み出すというビジネスモデルでした。 しかしながら、実際には中古車を新車と偽ってオーナーに高級車を販売し、価格の差額分を代理店が中抜きをするという悪徳代理店によるビジネスでした。 そのため、カーシェアビジネスの実態がないまま破綻し、高級車のオーナーには多額のローンだけが残るという事件が起きています。